ในปีต่อมาก็ต้องทำสงครามที่สามสบและท่าดินแดงอีก และไทยตีเมืองทวาย จากนั้นจะเป็นการรบกันเล็กน้อยและมีแต่เพียงข่าวศึก เพราะพม่าต้องไปรบกับอังกฤษ
ในที่สุดก็ตกเป็นเมืองขึ้น และเลิกรบกับไทยตลอดไป ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น
ยุทธศาสตร์การรบเปลี่ยนไป โดยเหตุที่พม่าต้องนำทัพลงมาทางใต้เพื่อเข้าตี
กรุงรัตนโกสินทร์ จำเป็นต้องมีทัพเรือล่องลงมาจากสังขละบุรี มาตามลำน้ำแควน้อยผ่านอำภอไทรโยคมายังปากแพรก ซึ่งเป็นที่รวมของแม่น้ำทั้งสอง ด้วยเหตุนี้หลังจากสิ้นสงคราม 9 ทัพแล้ว จึงได้เลื่อนที่ตั้งฐานทัพจากเมืองกาญจนบุรี
ที่ลาดหญ้า มาตั้งที่ตำบลปากแพรก ซึ่งเป็นที่รวมของแม่น้ำทั้ง 2 สาย กลายเป็นแม่น้ำแม่กลอง พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าฯ ทรงอธิบายว่า "ที่จริงภูมิฐานเมืองปากแพรกดีกว่าเขาชนไก่ เพราะตั้งอยู่ในที่รวมของแม่น้ำทั้ง 2 สาย พื้นแผ่นดินที่ตั้งเมืองก็สูงแลเห็นแม่น้ำน้อยได้ไกล ป้อมกลางย่านตั้งอยู่กลางลำน้ำทีเดียว แต่เมืองกาญจนบุรีที่ย้ายมาตั้งใหม่นี้เดิมปักเสาระเนียดแล้วถมดินเป็นเชิงเทินเท่านั้น"
ในสมัยรัชกาลที่ 2 กรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ได้เสด็จออกมาขัดตาทัพ
กำแพงเมืองก็คงเป็นระเนียดไม้อยู่ ต่อมาจนถึง พ.ศ.2374 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว
รัชกาลที่ 3 ได้โปรดให้ก่อสร้างกำแพงเมืองและป้อมปราการขึ้นเป็นถาวร ทั้งนี้โดยมีพระราชประสงค์ส่วนใหญ่เพื่อติดต่อค้าขายกับเมืองราชบุรี
ดังพระราชนิพนธ์เสด็จพระพาสไทรโยค กล่าวไว้ตอนหนึ่งว่า "แต่มีเมืองปากแพรกเป็นที่ค้าขาย ด้วยเขาชนไก่เมืองเดิมอยู่เหนือมากมีแก่งถึงสองแก่ง ลูกค้าไปมาลำบาก จึงลงมาตั้งเมืองเสียที่ปากแพรกนี้เป็นทางไปมาแก่เมืองราชบุรีง่าย เมืองที่สร้างขึ้นใหม่
กว้าง 5 เส้น ยาว 18 วา มีป้อม 4 มุมเมือง ป้อมย่านกลางด้านยาวตรงหน้าเมืองทิศตะวันตกเฉียงใต้มีป้อมใหญ่อยู่ตรวเนิน ด้านหลังมีป้อมเล็กตรงกับป้อมใหญ่ 1 ป้อม" การสร้างเมืองกาญจนบุรีใหม่นี้
ดังปรากฏในศิลาจารึกดังนี้ ให้พระยาราชวรินทร์ เจ้ากรมพระตำรวจเป็นพระยาประสิทธิสงครามรามภักดีศรีพิเศษประเทศนิคมภิรมย์ราไชยสวรรค
์พระยากาญจนบุรี ครั้งกลับเข้าไปเฝ้าโปรดเกล้าฯว่าเมืองกาญจนบุรีเป็นเมืองอังกฤษ พม่า รามัญ ไปมาให้สร้างเมืองก่อกำแพงขึ้นไว้จะได้เป็ฯชานพระนครเขื่อนเพชรเขื่อนขัณฑ์มั่นคงไว้แห่งหนึ่ง ในปัจจุบันกำแพงถูกทำลายลงโดยธรรมชาติและหน่วยราชการเพื่อประโยชน์อย่างอื่น เหลือเพียงประตูเมืองและกำแพงเมืองบางส่วน
การปกครองของเมืองกาญจนบุรี
ในสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นประกอบด้วยเมืองด่าน 8 เมือง อยู่ในแควน้อย 6 เมือง แควใหญ่ 2 เมือง ตั้งขึ้นเพื่อประโยชน์ในทางยุทธศาสตร์ เพราะได้ตั้งให้พวกมอญอาสา มอญเชลย และกะเหรี่ยง เป็นเจ้าเมืองปกครองกันเอง เพื่อให้มีเกียรติศัพท์ดังออกไปเมืองพม่าว่ามีหัวเมืองแน่นหนาหลายชั้น และมีหน้าที่คอยตระเวณด่านฟังข่าวคราวข้าศึกติดต่อกันโดยตลอด เมื่อสงครามว่างเว้นลงแล้ว เจ้าเมืองกรมการเหล่านี้ก็มีหน้าที่ส่งส่วย ทองคำ ดีบุก และสิ่งอื่นๆ แก่รัฐบาลโดยเหตุที่ในสมัยนั้นมิได้จัดเก็บภาษีอากรจากพวกเหล่านี้แต่อย่างใด
เมืองด่าน 7 เมือง(รามัญ 7 เมือง) ประกอบด้วยเมืองในสุ่มแม่น้ำแควน้อย 6 เมือง และแควใหญ่ 1 เมือง คือ
- เมืองสิงห์
- เมื่องลุ่มสุ่ม
- เมืองท่าตะกั่ว
- เมืองไทรโยค
- เมืองท่าขนุน
- เมืองทอผาภูมิ
- เมืองท่ากระดาน
เมืองต่างๆ เหล่านี้ผู้สำเร็จราชการเมืองยังไม่มีพระนาม ในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานเป็นภาษาสันสกฤตแก่ผู้สำเร็จเมือง ดังนี้
- เมืองสิงห์ เป็น พระสมิงสิงห์บุรินทร์ ปัจจุบันเป็นต้นสกุล สิงคิบุรินทร์ ธำรงโชติ
- เมืองลุ่มสุ่ม เป็น พระนินภูมิบดี ปัจจุบันเป็นต้นสุกล นินบดี จ่าเมือง หลวงบรรเทา
- เมืองท่าตะกั่ว เป็นพระชินติฐบดี ปัจจุบันเป็นต้นสกุล ท่าตะกั่ว ชินอักษร ชินหงสา
- เมืองไทรโยค เป็น พระนิโครธาภิโยค ปัจจุบันเป็นต้นสกุล นิโครธา
- เมืองท่าขนุน เป็นพระปนัสติฐบดี ปัจจุบันเป็นต้นสกุล หลักคงคา
- เมืองทองผาภูมิ เป็น พระเสลภูมิบดี เป็นต้นสกุลเสลานนท์ เสลาคุณ
- เมืองท่ากระดาน เป็นพระผลกติฐบดี เป็นต้นสกุล พลบดี ตุลานนท์
ครั้นเมื่อมีการปกครองตามระเบียบสมัยใหม่ ร.ศ.114 เมืองด่านเหล่านี้ถูกยุบลงเป็นหมู่บ้าน ตำบล กิ่งอำเภอ เป็นอำเภอบ้างตามความสำคัญของสถานที่ ดังนี้
- เมืองทองผาภูมิ (เดิมเรียกว่าท้องผาภูมิ) ยุบลงเป็นหมูาบ้านอยู้ในเขตกิ่งอำเภอสังขละบุรี(ต่อมาเป็นอำเภอสังขละบุรี) ปัจจุบันเป็นอำเภอทองผาภูมิ
- เมืองท่าขนุน(สังขละบุรี) ยุบลงเป็นกิ่งอำเภอสังขละบุรี ขึ้นต่ออำเภอวังกะ ซึ่งตั้งใหม่อยู่ห่างจากท่าขนุนขึ้นไป ตั้งที่ว่าการริมน้ำสามสบ ต่อมาอำเภอวังกะและกิ่งอำเภอสังขละบุรีได้ถูกเปลี่ยนฐานสลับกันหลายครั้ง และต่อมากิ่งอำเภอสังขละบุรีตั้งอยู่ที่ตำบลวังกะ เดิมขึ้นต่ออำเภอทองผาภูมิและเปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอสังขละบุรี ส่วนกิ่งอำเภอสังขละบุรีเดิมตั้งอยู่ที่ตำบลท่าขนุน เปลี่ยนเป็นอำเภอทองผาภูมิ
ตั้งแต่ พ.ศ.2492 เป็นต้นมา
- เมืองไทรโยค ยุบลงเป็นกิ่งอำเภอวังกะ ใน พ.ศ.2492 ต่อมาได้โอนขึ้นกับ
อำเภอเมืองกาญจนบุรี ได้ย้ายที่ทำการหลายครั้ง ปัจจุบันนี้ตั้งที่ทำการอยู่ที่
ตำบลวังโพธิ์ และได้ยกขึ้นเป็นอำเภอไทรโยค เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม พ.ศ.2506
- เมืองท่าตะกั่ว ยุบลงเป็นหมู่บ้านอยู่ในตำบลท่าเสา อำเภอไทรโยค
- เมืองลุ่มสุ่ม ยุบลงเป็นหมู่บ้านในตำบลลุ่มสุ่ม อำเภอไทรโยค
- เมืองสิงห์ ยุบลงเป็นหมู่บ้านอยู่ในตำบลสิงห์ อำเภอไทรโยค
ตามลำน้ำแควใหญ่ มีเมือง 2 เมือง คือ
- เมืองท่ากระดาน ยุบลงเป็นหมู่บ้านอยู่ในกิ่งอำเภอศรีสวัสดิ์(ปัจจุบันเป็นอำเภอศรีสวัสดิ์)
- เมืองศรีสวัสดิ์ (ด่านแม่แฉลบ) ยุบลงเป็นกิ่งอำเภอไทรโยค (ปัจจุบันเป็นอำเภอศรีสวัสดิ์)
ในปี พ.ศ.2467 จังหวัดกาญจนบุรี ประกอบด้วยอำเภอและกิ่งอำเภอ ดังนี้
อำเภอเมือง ตั้งที่ทำการอยู่ตำบลปากแพรก ในกำแพงเมืองเก่า ประกอบด้วยกิ่งอำเภอศรีสวัสดิ์ , กิ่งอำเภอไทรโยค , กิ่งอำเภอบ่อพลอยปัจจุบันทั้ง 3 กิ่งอำเภอได้ยกฐานะเป็นอำเภอ
อำเภอท่าม่วง ตั้งที่ว่าการที่ตำบลท่าม่วง เดิมตั้งอยู่ที่ตำบลวังขนาย ริมฝั่งตะวันออกของแม่น้ำแม่กลองเรียกว่า อำเภอวังขนาย ครั้น พ.ศ. 2489 จึงย้ายมาสร้างใหม่ที่ตำบลท่าม่วงจนถึงปัจจุบัน
อำเภอพนมทวน ตั้งที่ว่าการตำบลพนมทวน ก่อนเรียกว่าอำเภอบ้านทวน และก่อน ร.ศ. 120(พ.ศ.2445)เรียกว่าอำเภอเหนือ
อำเภอท่ามะกา ตั้งที่ว่าอยู่ที่ตำบลท่ามะกา ก่อนเรียกตำบลพระแท่นอยู่ในเขตตำบลพงตึก ขึ้นกับจังหวัดราชบุรี และได้โอนมาสังกัดจังหวัดกาญจนบุรี เมื่อ พ.ศ.2480
อำเภอทองผาภูมิ ตั้งที่ว่าอยู่ที่ตำบลท่าขนุน มีกิ่งอำเภอสังขละบุรีอยู่ในสังกัด
